trindade, também não é o T-45.
Vasco, antes de mais convém esclarecer uma coisa. Se estás com vontade de fazer umas legs, faz. Cria as tuas regras se quiseres, faz a coisa à tua maneira. O importante não é seguir a regra A, B ou C porque sim ou porque os outros também seguem. O importante é que te divirtas. Com ou sem AP, com GPS ou VOR... Opah, até podes ir de bicicleta.

Ainda assim, obviamente que não deixo de te responder a estas ou a quaisquer outras perguntas que queiras colocar. Estás à vontade.
1: Normalmente uso mesmo o flight planner do FSX, e adapto às minhas necessidades. Por exemplo, no ultimo voo o fsx queria que eu fosse a um VOR a Africa. Como achei que isso era uma grande volta, decidi eliminar esse VOR e seguir directo entre as ilhas. Recorro ao mapa do FSX apenas antes do voo para tirar uma imagem mental daquilo que vou fazer. Se durante o voo tiver duvidas, então recorro a cartas no tablet. Durante o voo, eu não uso o mapa do fsx nem o GPS que o meu avião tem, daqueles portáteis, pois acho que isso iria tirar algum do divertimento.
2: Sim, eu uso o Autpilot e não tenho problemas nenhuns com isso. Se alguem achar que tira alguma dificuldade ou realismo, temos pena. Não vou segurar o joystick durante uma travessia de mais de 100 milhas. Podia fazer trim para manter o avião na rota e altitude, mas prefiro deixar isso para o AP e usar o tempo disponivel para ver as vistas por exemplo. Claro que quando houver pontos de interesse, como por exemplo na próxima leg onde conto dar umas voltas ao Monte Etna, voo grande parte à mão.
3: Sim. Uma vez que tenho o trafego activo do My Traffic X, era mau não usar procedimentos básicos de ATC. Crio um plano VOR antes de cada voo, e assim obriga-me sempre a pedir autorização para descolar e aterrar (pelo menos onde houver atc). Era muito mau aterrar enquanto um pássaro qualquer se faz à pista para descolar.
Reforçando a ideia do inicio, estas são as minhas regras, e não quer dizer que tu ou quem quer que seja tenha de as seguir. São o meu balanço entre realismo e diversão. Cada um encontrará o seu.